上海证券交易所目前实行的是中国证券登记结算有限责任公司上海分公司(以下简称中国结算上海分公司)统一托管和证券公司法人集中托管及投资者指定交易的制度。即，除了中国结算上海分公司统一存管投资者的证券资产和相关资料、办理有关证券存管业务外，证券公司以法人为单位设立证券托管库，集中托管所辖营业部所属客户的证券资产及相关资料，办理有关查询挂失等业务。投资者必须在某一证券营业部办理证券账户的指定交易后，方可进行证券买卖或查询。投资者转换证券营业部买卖证券时，须在原证券营业部申请办理撤销指定交易，然后再到转入证券营业部办理指定交易手续。

指定交易是指投资者与某一证券营业部签订协议后，指定该机构为自己买卖证券的惟一交易点。从1998年4月1日起，上海证券交易所开始实行全面指定交易制度。根据《上海证券交易所全面指定交易制度试行办法》的规定，所谓全面指定交易制度，是指凡在上海证券交易所交易市场从事证券交易的投资者，均应事先明确指定一家证券营业部作为其委托、交易清算的代理机构，并将本人所属的证券账户指定于该机构所属席位号后方能进行交易的制度。该制度实施后，投资者如不办理指定交易，上海证券交易所电脑系统将自动拒绝其证券账户的交易申报指令(从事B股交易的境外投资者除外)，直至该投资者完成办理指定交易手续。

投资者办理指定交易的登记手续和确认程序为：
1.投资者向证券公司提出申请，经证券公司同意后，双方签署“指定交易协议书”；
2.证券公司按协议向上海证券交易所电脑主机申报证券账户的指定交易指令；
3.证券交易所电脑主机接受申报，当日收市后发出指定交易确认回报并附确认编号，该证券账户的指定交易自下一个营业日即可生效。

已选择指定交易的投资者，有权根据需要将自己指定交易所属证券营业部予以变更。证券营业部不得以任何理由拖延或拒绝，除非投资者有未履行交易交收责任等违约情况。